Традиционно присуждаются четыре премии за исследования, внесшие существенный вклад в естественные, технические и гуманитарные науки, а также за разработку образцов новой техники и прогрессивных технологий, обеспечивающих инновационное развитие экономики, социальной сферы и укрепление обороноспособности страны.

Право выдвигать кандидатов имеют лауреаты государственных премий, академики, ученые и научно-технические советы организаций, а также советы молодых ученых и специалистов.

Принять участие в конкурсе может как один молодой ученый, так и группа исследователей, состоящая не более чем из трех человек. Возраст лица, выдвигаемого на соискание премии президента Российской Федерации, не может превышать 35 лет.

Кандидаты должны продемонстрировать результаты своих работ, которые уже значительно поспособствовали развитию научного сообщества и нашли практическое применение.

Экспертизу представлений на соискание премии проводит Российский научный фонд. Значимость вклада молодых ученых в развитие науки определяется с учетом уровня их достижений и потенциала дальнейшего применения полученных результатов. Предполагается решение перспективной научной задачи, создание нового направления или школы.

Вклад в разработки оценивается на основании анализа научно-технического уровня созданных образцов новой техники и прогрессивных технологий, их конкурентоспособности на международном рынке, а также масштаба осуществленного или потенциального внедрения.

Перед лауреатами открываются новые возможности для расширения своих научных исследований и продвижения инновационных проектов по ключевым технологическим направлениям.

Прием представлений на соискание премии президента, не содержащих информацию ограниченного доступа, производится в электронном виде на сайте Российского научного фонда, где также можно ознакомиться со вспомогательными материалами для подачи заявки.